Tikslas – plėtoti kompleksinius tarpdisciplininius tyrimus visuomenės sveikatos, socialinės  gerovės bei visuomenės darnaus vystymosi kontekste, vykdyti mokslinę plėtrą, skatinti fakulteto dėstytojų ir mokslo darbuotojų profesinės kvalifikacijos tobulinamasi bei papildyti studijų programas naujausiomis mokslo ir praktikos žiniomis.

Tikslas – kurti ir tobulinti išmaniąsias bioinžinerijos technologijas ankstyvai diagnostikai ir gydymui, vertinti jūros aplinkos veiksnių įtaką operatoriaus būklei, užtikrinant darnią žmogaus ir aplinkos sąveiką.

Tikslas – tirti gerovės visuomenės prielaidas Baltijos jūros regione ir jos raidą lemiančius socialinius, vadybinius, ekonominius, kultūrinius, politinius veiksnius darnaus vystymosi kontekste.

Programą ir paprogrames jungia bendras uždavinys: kokia gerovės visuomenės praktika Baltijos jūros regione taikytina Lietuvoje, užtikrinant darnią regiono raidą ir sudarant prielaidas gerovės visuomenei Lietuvoje kurti.

Tikslas – vykdyti išsamius tyrimus apie socialinius miesto raidos, kolektyvinių tapatybių, socialinių grupių ir diskursų kaitos procesus, kuriuos generuoja socialinės jūrinio sektoriaus permainos posovietiniame kontekste.

Tikslas – tirti socioedukacinių veiksnių poveikį žmogaus gerovei.

Tikslas – pagrindinis tyrimų objektas, vykdant šią programą, bus socialinė ir kultūrinė kaita rytiniame Baltijos jūros regione tarp Vyslos ir Dauguvos upių XI–XXI amžiais. Įgyvendinant programą, bus siekiama tarpdalykinėje tyrimo perspektyvoje ir Baltijos jūros regiono kontekste atskleisti svarbiausius pokyčius, transformavusius visuomenes ir kultūras minėtame regione, visų pirma koncentruojantis į fundamentaliuosius visuomenių christianizacijos, konfesionalizacijos, modernizacijos ir nacionalizacijos procesus.

Tikslas – pagrindiniai tyrimų objektai, vykdant šią programą, bus Baltijos jūros rytų regiono sausumos ir povandeniniai kraštovaizdžiai, užlieti Baltijos jūros krantai, Baltijos jūros vandens lygio svyravimai, pakrančių apgyvenimas ankstyvajame ir viduriniajame holocene, ūkio, kultūros ir visuomenės raida nuo geležies amžiaus iki naujųjų laikų, archeologinės medžiagos tyrimai.

Tikslas – sutelkti fakulteto mokslinį potencialą fundamentiniams ir taikomiesiems Baltijos regiono kultūros tyrimams vykdyti ir plėtoti, jų rezultatų sklaidai nacionaliniu ir tarptautiniu mastu. Įvairiais – lingvistiniu, kultūrologiniu, filosofiniu, religiniu, etnologiniu, literatūrologiniu, menotyriniu – aspektais, pasitelkiant humanitarinių mokslų teorines ir metodologines prieigas, tyrinėti kultūros raidą Baltijos regione, ją vertinti Europos ir pasaulio kontekste.

Tikslas – vykdyti  jūrų pramonės tvarios plėtros tyrimus: apimant jūrų transporto  priemonių bei uosto konstrukcijų ir įrenginių saugią eksploataciją, mažinant jų taršą aplinkai, sprendžiant jų energetinio efektyvumo klausimus, kuriant naujas laivų ir uosto konstrukcijas iš šiuolaikinių konstrukcinių ir kompozicinių medžiagų atsparių išorinei aplinkai.

Tikslas – naujomis mokslo žiniomis prisidėti prie žmonių gerovės kėlimo sąlygų gerinimo pakrančių zonose, sprendžiant gamtinių, socialinių ir ekonominių interesų suderinamumo problemas.

Tikslas – prognozuoti jūros ir pakrantės gamtinių išteklių ir ekosistemų paslaugų raidą  globalios kaitos sąlygose, remiantis jūros ir pakrantės aplinkos abiotinių ir biotinių komponentų sąveikos mechanizmų analize.

Tikslas – kurti ir plėtoti inovatyvius tarpdalykinius jūrinių tyrimų metodus, apimančius visą jūrinių tyrimų gyvavimo ciklą, nuo ekologinių sistemų stebėsenos ir duomenų gavimo, duomenų kaupimo ir valdymo, pirminio apdorojimo iki gautų rezultatų interpretavimo, duomenų  tirybos ir vizualizavimo, kompiuterinio modeliavimo bei taikymo jūrų ir kranto zonos procesams prognozuoti ir valdyti. 

Tikslas – kuriant realaus laiko intelektinio autonominio transporto ir transportavimo procesus atvaizduojančius prototipus, inovatyvius stebėsenos, duomenų valdymo ir modeliavimo metodus, įvertinant žmogiškąjį faktorių, siekti didinti jūrinio transporto sistemų efektyvumą, patikimumą, krovinių ir keleivių saugumą.

Tikslas – vykdyti technologijų  poveikio  jūrinei aplinkai tyrimus apimant aplinkos taršos iš laivų tyrimus, alternatyvaus jūrinio kuro gamybos technologinių principų kūrimą, balastinių vandenų poveikį jūrinei aplinkai bei jų  valymo technologijas.