Jūrų inžinerijos katedra nuo 2010 m. kuruoja KU ir vykdo vienintelę Lietuvoje Jungtinę tarptautinę VGTU-VDU-KU-KTU „Transporto inžinerija“ T003 doktorantūrą. Doktorantūrą baigė 7 doktorantai, apgynė disertacijas 6 doktorantai, tęsia studijas 8 doktorantai iš kurių dvi disertacijos ruošiamos gynimui 2021 m.

Jūrų inžinerijos katedros doktorantas Vygintas Daukšys: LR Susisiekimo ministerijos pripažinta vienų iš trejų geriausių disertacinių darbų 2020 m. (2020 m. apgynė Transporto inžinerijos mokslo krypties daktaro disertaciją „Gamtinėmis dujomis veikiančio dyzelinio variklio energinių ir ekologinių rodiklių tyrimas“, mokslo vadovas prof. habil. dr. Sergėjus Lebedevas ).

Jūrų inžinerijos katedros doktorantė Nadežda Lazareva: LR Susisiekimo ministerijos pripažinta geriausia disertacija, 2019 m. (apgynė Transporto inžinerijos mokslo krypties daktaro disertaciją „Bunkeriuojamo jūrinio kuro savybių įtaka laivo jėgainės eksploatacinėms charakteristikoms“, mokslo vadovas prof. habil. dr. Sergejus Lebedevas).

Doktorantūros studijų vykdyme ir vadovavime doktorantų moksliniais tyrimais aktyviai dalyvauja JIK mokslininkai: prof. habil. dr.  Sergejus Lebedevas (KU doktorantūros kuratorius), prof. habil. dr. Vytautas Paulauskas,   doc. dr. Rima Mickevičienė,   dr.  Paulius Rapalis.