Ištisas šimtmetis pažymėtas prasminga kelione link savarankiško Universiteto Klaipėdoje sukūrimo. Aukštojo mokslo ištakos Klaipėdoje siekia 1902 m., Prūsijos valstybės sprendimu įsteigus Karališkąją mokytojų seminariją. Nepriklausomoje tarpukario Lietuvoje didelis dėmesys buvo skiriamas aukštojo mokslo puoselėjimui Klaipėdoje. E. Galvanausko iniciatyva 1934 m. uostamiestyje įsteigtas Prekybos institutas. 1935 m. LR prezidento A. Smetonos dekretu įsteigtas Respublikos pedagoginis institutas, kurio direktoriumi paskirtas Vytautas Soblys, baigęs filosofijos ir psichologijos mokslus Berlyno, Tulūzos ir Paryžiaus (Sorbonos) universitetuose. Be to, 1936 m. J. Grinius siūlė svarstyti galimybę uostamiestyje įkurti Vytauto Didžiojo universiteto Technikos fakultetą. Sovietmečiu Klaipėdoje įsteigti keli aukštųjų mokyklų padaliniai: Kauno politechnikos instituto Klaipėdos fakultetas (1959 m.), Šiaulių pedagoginio instituto Klaipėdos muzikos fakultetas (1971 m.), vėliau tapęs LTSR Valstybinės konservatorijos Klaipėdos fakultetais, Šiaulių pedagoginio instituto Ikimokyklinio auklėjimo fakultetas (1975 m.). Nepriklausomoje Lietuvoje 1991 m. sausio 1 d. minėtų fakultetų pagrindu įkurtas savarankiškas Klaipėdos universitetas. L. Donskio (1997) teigimu, Universiteto įsteigimas liudija, kad Klaipėda patyrė tikrąją laisvo ir savarankiško miesto emancipaciją. Universitetas gimė kaip miesto alter ego, kuriam miestas patiki savo visas istorinio buvimo dimensijas – praeitį, ateitį ir dabartį. Universitetas yra miesto ir jo kultūros formų refleksija bei savimonė. Šis požiūris atskleidžia pamatinę universiteto idėją – Universitas et Humanitas – visuma ir žmogiškumas. XX a. 9-ajame dešimtmetyje niekam nekilo abejonių, kad Klaipėdai reikia akademinio universiteto.
Klaipėdos kraštas Prūsijos kontekste turėjo pažangias švietimo tradicijas. Neatsitiktinai pirmoji lietuviška knyga 1547 m. užgimė seniausio Rytų Europoje Karaliaučiaus universiteto, įsteigto 1544 m., aplinkoje. Perspektyvi Prūsijos švietimo ir ekonomikos politika nuo XVIII a. lėmė tai, kad Klaipėdoje atsirado augimo potencialas. Anot A. Juozaičio „Klaipėda – Mėmelio paslaptis“, XX a. pradžioje Mėmelio krašte daugiau kaip 90 procentų gyventojų buvo raštingi, tuo tarpu Lietuvoje – 40 procentų. Be to, ne Vilniuje ar Kaune atsirado pirmieji gatvių žibintai, dujos, telefonai, tramvajus, seniausias teatras – visa tai čia, Klaipėdoje.
Klaipėdos universiteto įkūrimas 1991 m. susijęs su ypatingu istoriniu laikmečiu, kuris žymėjo sovietmečio griūtį ir atsivėrusias naujas galimybes, pirmiausia – iš Vakarų Europos. Klaipėdos universitetas įkurtas siekiant stiprinti Lietuvą, kaip jūros valstybę. Todėl jo mokslinė veikla daugiausia nukreipta į jūros ir jos aplinkos pažinimą, siekiant įveiklinti atsinaujinančios energijos galimybes iš jūros ir jos aplinkos, įvertinti jūros išteklius ir tai išnaudoti kuriant saugią, ekologišką, konkurencingą pramonės, verslo bei unikalią kultūrinę aplinką. Nuo 2008 m. KU vykdo Integruoto mokslo, studijų ir verslo centro – Jūrinio slėnio – Lietuvos jūrinio sektoriaus plėtros programą, kuri telkia mokslą, verslą ir viešąjį sektorių, siekiant Lietuvos, kaip jūrinės valstybės, sėkmingo augimo. Be to, KU vykdomi unikalūs Prūsijos (Mažosios) Lietuvos ir Žemaitijos istorijos, archeologijos, kultūros, kalbos tyrimai. Klaipėdos jūrinės metropolijos raidos tyrimai yra aktualūs regionams, jų formavimosi procesams. KU sėkmingai plėtoja sveikatos mokslus, sieks vykdyti medicinos mokslinius tyrimus ir studijas.