Universitetas vykdo apie 120 laipsnį suteikiančių studijų programų: 57 bakalauro, 59 magistrantūros, 1 vientisųjų ir 11 doktorantūros studijų programų. KU turi tęstinių studijų organizavimo ir kvalifikacijos tobulinimo patirties. Kolegijų absolventams parengta 15 sutrumpintų bakalauro studijų programų ir 19 papildomųjų studijų programų, ketinantiems studijuoti magistrantūroje. Siūloma 16 tarptautinių bakalauro, 18 magistrantūros, 1 doktorantūros studijų programa, 4 tarptautiniai kursai.

Vykdomos dvi jungtinės studijų programos: 2011 m. kartu su Šiaulių universitetu pradėta vykdyti pirmosios studijų pakopos jungtinė kineziterapijos studijų programa, 2014 m. kartu su Latvijos Vidžemės taikomųjų mokslų universitetu antrosios pakopos jungtinė tarptautinių turizmo renginių vadybos studijų programa.

Universitetas vykdo mokymosi visą gyvenimą programas:

  • realizuojamos kvalifikacinį laipsnį
    suteikiančios sutrumpintos (1,5–3 m.)
    studijų programos kolegijų
    ir universitetų absolventams;
  • specialistų kvalifikacijos tobulinimo kursai;
  • perkvalifikavimo kursai;
  • neformalaus ir savaiminio mokymosi pasiekimų vertinimas ir pripažinimas;
  • klubinė veikla;
  • Trečiojo amžiaus universitetas.

Studijas Klaipėdos universitete koordinuoja Studijų prorektorius.