Klaipėdos universitetas yra savarankiška valstybinė Lietuvos Respublikos studijų ir mokslo institucija.
Universitetas turi du kolegialius valdymo organus – Universiteto Tarybą ir Senatą bei vienasmenį valdymo organą - Rektorių.
Universitete taip pat veikia Vidaus audito tarnyba.
Universiteto administracija yra suskirstyta į 4 direkcijas:
- Administracijos reikalų direkcija
- Finansų ir ekonomikos direkcija
- Infrastruktūros direkcija
- Mokslo, meno ir studijų direkcija
Universitete veikia trys paslaugų centrai:
Universitete veikia septyni fakultetai:
- Gamtos ir matematikos mokslų fakultetas
- Humanitarinių mokslų fakultetas
- Jūrų technikos fakultetas
- Menų fakultetas
- Pedagogikos fakultetas
- Socialinių mokslų fakultetas
- Sveikatos mokslų fakultetas
Universitete veikia du studijų institutai:
Universitete veikia trys mokslo institutai:
- Baltijos pajūrio aplinkos tyrimų ir planavimo institutas
- Baltijos regiono istorijos ir archeologijos institutas
- Mechatronikos mokslų institutas
Universitete veikia penki studijų ir mokslo centrai:
- Gamtos ir matematikos mokslų fakultetas: Regioninio planavimo centras
- Humanitarinių mokslų fakultetas: Anglų kalbos, Baltistikos, Evangeliškosios teologijos, Kalbų ir kultūrų centrai
- Menų fakultetas: Muzikologijos institutas
- Pedagogikos fakultetas: Edukacinių inovacijų centras
- Socialinių mokslų fakultetas: Regioninės politikos ir planavimo centras
Universitete taip pat veikia Jūros mokslų ir technologijų centras (JMTC), įsteigtas 2008 m. gruodžio 19 d. Vienas pagrindinių JMTC veiklos tikslų – sukurti atviros prieigos principu veikiančią mokslinių tyrimų ir eksperimentinės plėtros (toliau – MTEP) infrastruktūrą Klaipėdos universitete bei užtikrinti efektyvų jos panaudojimą Lietuvos jūrinio sektoriaus mokslinių tyrimų, studijų ir technologinės plėtros reikmėms.
Klaipėdos universitetas taip pat turi didžiausią Lietuvoje mokslinį tiriamąjį ir mokomąjį burlaivį „Brabander“, kuris suteikia galimybę studentams atlikti pirminę jūrinę praktiką, yra skirtas jūrinėms ekspedicijoms. Mokslinis tiriamasis ir mokomasis burlaivis – laboratorija BRABANDER kaip savarankiškas struktūrinis padalinys buvo sukurtas 2008 metais sausio 18 dieną universiteto Senato sprendimu. Taip pat universitetas turi jachtą „Odisėja“, naudojamą jūrinėms ekspedicijoms ir buriavimo mokymams atlikti.