Klaipėdos universiteto (KU) mokslinės ir meninė veiklos organizavimo grandys yra fakultetai, katedros, mokslo institutai, laboratorijos. Universitete mokslinę veiklą 2011 m. vykdo 7 fakultetai (Gamtos ir matematikos mokslų fakultetas (GMMF), Humanitarinių mokslų fakultetas (HMF), Jūrų technikos fakultetas (JTF), Menų fakultetas (MF), Pedagogikos fakultetas (PF), Socialinių mokslų fakultetas (SMF), Sveikatos mokslų fakultetas (SvMF)), 2 studijų institutai (Jūreivystės institutas, Tęstinių studijų institutas), veikia 58 katedros, 16 fakultetinių centrų, 3 Universiteto mokslo institutai (Baltijos pajūrio aplinkos tyrimų ir planavimo instituto (BPATPI), Baltijos regiono istorijos ir archeologijos instituto (BRIAI) ir Mechatronikos mokslo instituto (MMI), Botanikos sodas. Mokslinę ir meninę veiklą koordinuoja Mokslo ir meno prorektorius (iki 2011 m.), Mokslo ir studijų prorektorius (nuo 2011 m.), KU Mokslo ir technologijų perdavimo skyrius ir Senato Mokslo komisija.
Klaipėdos universiteto archyvo nuotrauka
KU vykdomi fundamentiniai ir taikomieji moksliniai tyrimai bei eksperimentinės plėtros darbai šiose mokslo srityse ir kryptyse: fizinių, biomedicinos, technologijų, socialinių ir humanitarinių mokslų. Menai yra integrali universiteto mokslinės veiklos dalis. Daugiasritiškumas ir tarpdiscipliniškumas yra Klaipėdos universiteto strateginis privalumas (Klaipėdos universiteto plėtros strateginis planas, 2011). Universitete prioritetinis dėmesys lygiagrečiai skiriamas mokslo krypčių darniai įvairovei, kurios visuma sukuria Klaipėdos universiteto mokslinių tyrimų, meninės ir akademinės veiklos unikalumą.
Klaipėdos universitete vykdomi tyrimai mokslo kryptyse, kurių neplėtoja kiti Lietuvos universitetai, tai – jūrų aplinkotyra, jūrų transporto technologijos ir inžinerija, hidrologija ir okeanografija, jūrų ūkio ekonomika, Klaipėdos krašto, Rytų Prūsijos ir Žemaitijos regionų istorija Baltijos jūros regiono kontekste, Baltijos regiono archeologija ir povandeninė archeologija, kalbos ir kultūros, landšaftų architektūra, uosto technologijų valdymas, uosto statiniai, pajūrio kultūriniai kraštovaizdžiai; taip pat kitos mokslinių tyrimų kryptys, kurios tarpdiscipliniškai reikšmingos anksčiau paminėtų mokslinių tyrimų tematikų plėtrai ir yra svarbios plėtojant ekonomiką, švietimą, kultūrą, sveikatos apsaugą, tai – vadyba ir viešasis administravimas, politologija, ekonomika, visuomeninė geografija, rekreacija ir turizmas, slauga, visuomenės sveikata, socialinis darbas, džiazo muzika, sportiniai šokiai ir choreografija, teatro ir šokio menas, vaikystės pedagogika, andragogika, psichologija, matematika, informatika, komunikacijos ir informacijos mokslai, filosofija, sociologija.
Paminėtus tyrimus Universitete vykdo virš 600 mokslininkų (pedagogų ir mokslo darbuotojų).
Klaipėdos universiteto mokslinės veiklos reikšminga gairė yra 2008 m. sukurta ir LRV patvirtinta, o 2009 m. pradėta įgyvendinti Integruoto mokslo, studijų ir verslo centro (slėnio) Lietuvos jūrinio sektoriaus plėtrai programa. Programos tikslas – sukurti šiuolaikinę mokslinių tyrimų infrastruktūrą, skirtą tarptautinėje rinkoje konkurencingam fundamentiniam ir taikomajam mokslui plėtoti, aukščiausiosios kvalifikacijos specialistams Lietuvos jūriniam sektoriui rengti. Šios programos rėmuose KU jau kuriama keturių atviros prieigos mokslinių laboratorijų infrastruktūra. Statomas mokslinių tyrimų ir aplinkos stebėjimo laivas su modernia jūros ir kranto zonos tyrimų ekspedicine įranga. KU Senato 2008-12-19 nutarimu, universitete įsteigtas savarankiškas mokslo padalinys - Jūros mokslų ir technologijų centras (http://www.ku.lt/jmtc/).