Baltistikos centro mokslininkai siekia dalyvauti bendruose projektuose bei tyrimų programose, suteikti mokslinę bazę mokslininkų ir aukštos kvalifikacijos specialistų rengimui, skleisti mokslo žinias visuomenei.
Pagal Nacionalinę lituanistikos plėtros 2009–2015 metų programą 2012–2014 m. vykdomas mokslo projektas „Žemaitijos Užgavėnių dainos“. Vadovė doc. dr. L. Petrošienė.
2010 m. įvykdytas projektas „Žemaičių kalendorinė tautosaka: Užgavėnių dainos“, kurio rezultatas – doc. dr. L. Petrošienės ir doc. dr. J. Bukančio sudarytas to paties pavadinimo autentiško žemaičių folkoro šaltinis.
2004 metais buvo pradėtas projektas „Bendrabaltiška leksika“. Projekto paskirtis – išplėsti lituanistikos, kartu ir baltistikos bei indoeuropeistikos mokslinių duomenų bazę. Projektas svarbus ir kalbos praktikai – kalbos kodifikacijos problemų sprendimui, bendrinės (taip pat ir tarminės) leksikos išlaikymui bei turtinimui. Projekto vykdymas nutrūko nebegavus finansavimo jo tęsimui.